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expr $(cat <対象ファイル> | sort | wc -l) - $(cat <対象ファイル> | sort | uniq | wc -l)

<対象ファイル>部分を置き換えて使う。

やってることは単純、expr (ファイルの内容をソートして行数をカウントしたもの) - (ファイルの内容をソートして重複行を省いた行数をカウントしたもの)